L-39С — стандартная модификация учебно-тренировочного самолёта для начальной и основной лётной подготовки.
L-39ZO — модификация учебно-тренировочного самолёта, которую можно использовать и в качестве лёгкого штурмовика, для чего имеются четыре подкрыльевых узла подвески вооружения.
L-39ZA — дальнейшее развитие L-39ZO с установкой под фюзеляжем двуствольной пушки ГШ-23.
L-39V — буксировщик воздушных мишеней.
Л-39Д — модификация с установленным БУР "Тест-1" взамен САРПП-12. Дополнительно устройство БУР "Тест-1" выполняет регистрацию звуковой информации в объеме 5 часов и оснащен эксплуатационным накопителем.
L-39MS (L-59 Super Albatros) — модификация с новым турбореактивным двигателем модульной конструкции ДВ-2, имеющим тягу 2200 кгс, катапультируемыми креслами класса «0-0» и новым электронным оборудованием. Первый полёт совершил в 1986 году. Произведено 80 единиц.[1]
Л-39М1 — украинская модернизация Л-39: замена двигателя АИ-25ТЛ на модернизированный АИ-25ТЛШ (увеличена тяга с 1720 до 1850 кг, вдвое улучшилась приемистость), усовершенствована система управления силовой установкой и бортовым аварийно-эксплуатационным регистратором полетной информации с дополнительными датчиками и устройствами.[2][3]
АфганистанАфганистан — 3 L-39С в настоящее время находятся на хранении на основой базе афганских ВВС в международном аэропорту Кабула[7], 26 L-39 стояли на вооружении с 1977 по 2001 год.